核苷酸的連接方式磷酸——五碳糖——含氮堿基。
盡管核糖環上的所有游離羥基（核糖的C-2、C-3、C-5及脫氧核糖的C-3、C-5）均能與磷酸發生酯化反應，但生物體內多數核苷酸都是5-核苷酸，即磷酸基團位于核糖的第五位碳原子上（C-5）。
種類：核苷酸中的磷酸有一分子、兩分子及三分子幾種形式。
核苷一磷酸（NMP）：AMP、GMP、CMP、UMP
核苷二磷酸（NDP）：ADP、GDP、CDP、UDP
核苷三磷酸（NTP）：ATP、GTP、CTP、UTP
脫氧核苷一磷酸（dNMP）：dAMP、dGMP、dCMP、dTMP
脫氧核苷二磷酸（dNDP）：dADP、dGDP、dCDP、dTDP
脫氧核苷三磷酸（dNTP）：dATP、dGTP、dCTP、dTTP